Эксперты выявили новую разновидность COVID в ЮАР — что известно до сих пор

в качестве Команда южноафриканских исследователей Мы определили новый штамм SARS-CoV-2вирус, вызывающий COVID-19. Штамм представляет собой генетически отличную вирусную группу с общий предок. Этот вирус может быть классифицирован как вариант в будущем на основании резко изменившихся характеристик, но сначала нам нужно лучше понять его. Наши результаты представлены в не предшествующем обзоре. бумага.

Новое происхождение, обозначенное C.1.2, встречается во всех округах штата. Хотя они имеют общие мутации с другими вариантами, они отличаются в некоторых отношениях.

Вирусы все время меняются. Иногда мутации приводят к дополнительным преимуществам вируса, например к повышенной трансмиссивности. Но часто мутации не делают ничего полезного для вируса. Так что большее количество мутаций не всегда означает проблему для нас, их хозяина.

Что касается C.1.2, многое еще неизвестно. Например, еще слишком рано говорить о том, повлияют ли эти мутации на трансмиссивность или эффективность вакцины.

В Сеть мониторинга геномики в Южной Африке Он был Отслеживайте изменения в SARS-CoV-2 с марта 2020 года. Южная Африка была одной из первых стран в мире, которые внедрили систематический и скоординированный генетический надзор, секвенируя геномы SARS-CoV-2 из образцов пациентов, представляющих разные географические регионы и с течением времени.

Его результаты позволили понять, как и когда SARS-CoV-2 был введен в странаи чтобы раннее распространение. Сеть также секвенирует геномы вирусов для выявления новых эволюционирующих штаммов вирусов, вызывающих особую озабоченность.

Позже в 2020 году сеть обнаружила то, что сейчас называется Бета-альтернатива тревоге Недавно он наблюдал почти в реальном времени за быстрым прибытием и захватом дельты в Южной Африке.

Что известно, а что неизвестно

Мы отбираем образцы пациентов из диагностических лабораторий по всей стране и выполняем секвенирование для анализа геномов вируса. Затем мы сравниваем эти последовательности с теми, которые мы видели раньше и где-либо еще. Это очень похоже на игру, в которой вы обнаруживаете разницу между почти идентичными картинками.

Мы играем в «Найди отличия» с SARS-CoV-2. Когда мы обнаруживаем много различий — или различий в определенных местах, представляющих особый интерес, таких как высота распространения вируса, — мы обращаем особое внимание. А затем мы смотрим, как часто мы видим этот конкретный вирус и где — в одной части страны или в нескольких областях, только в Южной Африке или также в других частях мира. Мы также наблюдаем, увеличивается ли он со временем, что может указывать на замену предыдущих версий вируса.

Когда мы секвенируем вирус и сравниваем его с другими вирусами SARS-CoV-2, ему присваивается имя на основе наиболее подходящего вируса. Затем мы смотрим на вирус и вирус, которому он соответствует, чтобы увидеть, насколько они похожи друг на друга. Если мы увидим много различий, это может указывать на новую породу.

В мае 2021 г. Мы впервые обнаружили Мутантная группа южноафриканских вирусов SARS-CoV-2, к которой было отнесено клонное происхождение, C.1.2. Пока с мая по август 2021 года C.1.2 обнаружен во всех провинциях. Однако это происходит с относительно низкой частотой, и, хотя мы видим небольшое увеличение этого процента в течение дополнительного времени, оно остается очень низким.

Этот штамм обладает внутригеномными мутациями, наблюдаемыми в других вариантах SARS-CoV-2.

Сеть предупредила Всемирную организацию здравоохранения (ВОЗ) и Национальное министерство здравоохранения ЮАР об этом процентном соотношении в июле. Два месяца между нашим первым открытием и получением уведомления — это долгий процесс секвенирования и анализа. Кроме того, время от времени появляются мутировавшие вирусы, но многие снова исчезают. Поэтому нам нужно было следить за этим конкретным человеком, чтобы увидеть, будет ли он обнаружен в дополнительных областях. Только когда мы начали обнаруживать его в других провинциях и когда о нем также сообщили из других стран, мы почувствовали, что у нас достаточно доказательств, чтобы предложить новый штамм.

Сеть мониторинга продолжает отслеживать частоту родов по стране и помогать другим африканским странам делать то же самое. Кроме того, проводятся тесты для оценки функционального воздействия содержащихся в них мутаций — например, насколько хорошо действуют антитела у людей, которые были вакцинированы или ранее были инфицированы новым вирусом, насколько хорошо он воспроизводится в культурах клеток по сравнению с другими. варианты вирусов и так далее.

Вирус еще не соответствует критериям Всемирной организации здравоохранения для классификации интересующая переменная или интересующая переменная. Другой тип интереса связан с генетическими изменениями, влияющими на важные характеристики вируса (передаваемость, серьезность заболевания, иммуногенность, прогноз и терапевтическое ускользание) и эпидемиологические последствия, указывающие на риск для глобального общественного здравоохранения. Вариант, вызывающий беспокойство, — это наихудшая категория — это вариант с повышенной трансмиссивностью, вирулентностью и / или сниженной эффективностью общественного здравоохранения или медицинских устройств, таких как вакцины, методы лечения и тесты.

Дельта — хороший пример переменной тревожности, которая быстро охватила пандемию во всем мире, вызвав серьезные волны во многих странах, включая страны с развитыми программами вакцинации.

Штамм 1.2 имеет некоторые общие мутации со всеми другими вызывающими озабоченность вариантами, включая бета, лямбда и дельта варианты. Но у нового штамма есть ряд дополнительных мутаций.

Археология

Мы все еще собираем больше данных, чтобы понять влияние этой линии на трансмиссивность и вакцины.

SARS-CoV-2, как и все вирусы, со временем мутирует, обычно таким образом, что это дает вирусу некоторое преимущество. Некоторые мутации в штамме C.1.2 возникли в других вариантах SARS-CoV-2, представляющих интерес или вызывающих озабоченность. Но полной картины у нас пока нет. Это потребует сочетания непрерывного всестороннего мониторинга (в частности, чтобы увидеть, может ли он заменить преобладающий в настоящее время дельта-вариант) и лабораторных исследований для определения его свойств.

Основываясь на нашем текущем понимании мутаций в этом конкретном штамме, мы подозреваем, что он может частично уклоняться от иммунного ответа. Несмотря на это, наша точка зрения, основанная на том, что мы теперь знаем, заключается в том, что вакцины по-прежнему будут обеспечивать высокий уровень защиты от госпитализации и смерти.

Мы ожидаем, что новые варианты будут и дальше появляться везде, где распространяется вирус. Вакцинация остается критически важной для защиты тех, кто в наших сообществах подвергается высокому риску госпитализации и смерти, снижает нагрузку на систему здравоохранения и помогает замедлить передачу инфекции. Это должно сочетаться со всеми другими мерами общественного и социального здравоохранения.

Поэтому мы советуем общественности сохранять бдительность и продолжать следовать протоколу COVID-19, включая хорошую вентиляцию во всех местах общего пользования и ношение масок, закрывающих нос, рот и подбородок. Эти нефармацевтические вмешательства все еще предлагается для Предотвратить распространение SARS-CoV-2 независимо от варианта.

Мы также считаем, что мутантный клон вряд ли повлияет на чувствительность ПЦР-тестов. Эти тесты обычно обнаруживают как минимум две разные части генома SARS-CoV-2, которые служат резервной копией на случай, если одна из них мутирует. В настоящее время проводятся исследования для оценки любого воздействия на диагностические тесты.

Почему нужна бдительность?

Южноафриканская сеть наблюдения за геномом связывает Национальную службу лабораторий здравоохранения и испытательные лаборатории на COVID-19 с академическими центрами секвенирования. Это сотрудничество позволило южноафриканским экспертам быстро генерировать и анализировать последовательные данные для информирования региональных и национальных ответных мер.

По состоянию на конец августа 2021 г. дельта-вариант составлял более 90% последовательностей в Южной Африке. Но эволюция вируса продолжается до тех пор, пока вирус может передаваться от человека к человеку, размножаться и передаваться. Таким образом, необходимо продолжать отслеживать его развитие, выявлять новые проблемные характеристики на ранней стадии и разрабатывать контрмеры, где это возможно.

написано:

• Профессор Вольфганг Прессер — заведующий кафедрой медицинской вирусологии Стелленбошского университета
• Кэтрин Шипперс — старший научный сотрудник, Витватерсрандский университет
• Джинал Бхайман — главный научный сотрудник Национального института инфекционных заболеваний (NICD), Национального института инфекционных заболеваний.
• Маритье Вентер — Председатель: Программа по зоонозам, астме и респираторным вирусам, профессор кафедры медицинской вирусологии Университета Претории
• Бенни Мур — читатель и руководитель отдела динамики вирусных хостов, Национальный институт инфекционных заболеваний, исследователь каприз, Университет Витватерсранда, DST / NRF SARChI
• Тулио де Оливейра — Директор: KRISP — Платформа секвенирования исследований и инноваций провинции Квазулу-Наталь, Университет Квазулу-Натал

Эта статья была впервые опубликована в Беседа.